曾于1992年及1997年两次赴美进行博士后研究，2001年至2002年任北京大学眼科中心林护眼科医院副院长、眼科研究所负责人；2003年任中山大学中山眼科中心副主任、眼表疾病研究中心主任、眼科视光学系主任等。《中华眼科杂志》及《中华实验眼科杂志》杂志副总编辑，《Ocular Surface》等十多家（原14家）杂志编委， IOVS、Cornea等12家国际知名眼科杂志审稿人。

 

　　刘祖国教授已获得包括国家重点研发计划、973项目、863重点项目、国家自然科学基金（9项）等50多项研究基金的资助。主编、参编了教材及专着40余本。发表文章450多篇（其中SCI收录杂志180多篇，Ophthalmology及IOVS 40多篇，中华眼科杂志100多篇），论文引用近6000次（其中被SCI收录杂志引用近3000次）。

 

　　刘祖国教授在眼表疾病领域进行了系统的临床及基础研究工作，多次获得科技成果奖。其中，三次获得国家科技进步二等奖，九次获得部、省级科技进步一等奖，已获得及公开发明专利近60项，参与多部干眼国际指南的撰写。获得第八届中国青年科技奖、药明康德药物化学奖、中华眼科杰出成就奖、亚太眼科成就奖、吴阶平医药创新奖，为卫生部有突出贡献的中青年专家，福建省科技杰出人才、福建省科技创新领军人才、厦门市拔尖人才，享受国务院特殊津贴。

 

　　刘祖国教授长期从事角膜病及眼表疾病的临床工作，在我国创建了眼表疾病中心，开设了干眼疾病专科，改良及开创了多个角膜与眼表手术，其角膜移植与眼表手术量位于我国同行的前列。牵头制定了我国7个干眼领域的临床共识与指南，是国际干眼指南的执行委员会成员以及干眼指南制定小组的成员，参与起草了国际干眼指南。在国际上报道采用去细胞的方法制作猪角膜组织工程移植到人获得成功，被认为是近年再生医学领域的突破进展之一。1999年提出的全角膜厚度彩色编码图形的分类方法及标准，目前仍然是国际上的方法及标准，在国际上广泛应用。1999年发现及提出了干眼可引起视力改变，改变了传统关于干眼视功能的观点，为近十年来干眼领域三个重要的进展之一，列入了2007年国际干眼指南的新定义。他近年来应邀到我国30个省、市，共作了700余次学术报告和特邀讲座，数十次的会诊及示范手术，为提高我国在此领域的临床和科研水平做出了贡献。同时他培养了我国此领域大量的人才，包括100多名博士、硕士及大量的进修医师，他们中有的已成为我国大学附属医院的眼科主任或美国的大学助理教授。